Nel 1937, grazie allo stesso Mons. Andreoni, ottiene l’incarico di organista Maestro di Cappella della Basilica di S. Maria Nuova ad Abbiategrasso.
Qui può sperimentare liberamente le sue nuove musiche liturgiche, fra le quali la prima messa, “Missa Mariae Nascenti” ispirata a quella chiesa, ottenendo i primi successi e il plauso dalla critica e dalla stampa.
La musica sacra diventa così il genere in cui si esplica più pienamente il suo genio musicale.
Ad Abbiategrasso Daniele Maffeis è ricordato inoltre, e in modo particolare, come l’autore di sei brillanti Operette Musicali nate da un’identità di intenti pedagogici con il direttore dell’Oratorio e letterato don Ambrogio Palestra.
Dalla profonda amicizia stabilitasi tra le personalità dei due educatori, il musicista e il librettista-poeta, il mondo dell’operetta didattica per Oratori, da forme banali in cui era caduta, viene portata ad alti livelli artistici e formativi per la gioventù.
Al termine della guerra compone la “Missa Regina Pacis” che pure è accolta con entusiasmo dagli ascoltatori e dalla critica musicale.
Nel 1951 Mons. Palestra viene nominato parroco e si trasferisce. Maffeis continua il suo servizio d’organo ad Abbiategrasso fino a quando, nel 1957, l’amico parroco ottiene la definitiva nomina nella Basilica di San Satiro in Milano e lo chiama definitivamente con sé.